St. Nikolai ist der erste große Kirchenbau Mecklenburgs nach der Reformation im frühen 18. Jahrhundert und eine der wenigen barocken Backsteinkirchen in Norddeutschland. Der Zentralbau ist auf einem griechischen Kreuz errichtet. Nach Plänen des Ingenieurkapitains Jacob Reutz und nach dessen Tod von Leonhard Christoph Sturm vollendet, entsteht von 1708 – 1713 der Kirchenbau St. Nikolai mit Fürstenloge und Grablege in der Schelfstadt.
1853 beauftragte Friedrich Franz II. den Umbau der Innenausstattung der Kirche. Die durch Sturm verantworteten aufwändigen Säulenstellungen des 18. Jh. wurden entfernt und die Kirche erhielt ihre neugotische Prägung. Mit der Verlegung der Grablege nach St. Nikolai und der über das Kirchenschiff zu erreichenden Gruft der herzoglichen Familie, bekräftigten die mecklenburgischen Herzöge dieser Zeit, den Wandel hin zu einer aufgeklärten Regentschaft. Unterhalb der Orgel und erreichbar über den Turm liegt die Fürstenloge dem Altar gegenüber. Die seitlichen Emporen waren dem Militär vorbehalten.